O grau de contaminação do sítio cirúrgico está ligado aos quatro níveis esperados de micro-organismos presentes no momento da incisão, relacionados à flora bacteriana normal, à superação do grau normal de contaminação antes que o paciente se apresente à cirurgia ou à presença de infecção.
Dessa forma, recomenda-se que um indicador clínico usado para medir o nível de segurança do paciente dentro da instituição de saúde só calcule taxas de infecção em procedimentos cirúrgicos que se apresentem à cirurgia com o grau habitual de contaminação (cirurgias classificadas como "limpas").